Aktifitas utama dan pertama yayasan ini adalah membuka lembaga pendidikan tinggi Islam pada tanggal 23 Juli 1954 yang bernama Universitas Muslim Indonesia (UMI )

Kini UMI tumbuh dan berkembang menjadi sebuah Perguruan Tinggi Swasta terkemuka di Indonesia dengan membina 12 Fakultas yang telah menghasilkan ribuan alumni.

Jemnjang Pendidikan yang dibina UMI mulai dari Diploma, Strata Satu (S-1) dan Starata Dua (Pascasarjana), serta telah dibuka pula Program Doktor ( S-3) di bidang Ekonomi dan Hukum.

Disamping membina Perguruan Tinggi, Yayasan Wakaf UMI juga membina Lembaga Pendidikan Persiapan (LPP), mulai tingkat SMP, STM, SMEA dan SMA. Pilar Pendidikan yang dibina Yayasan ini tidak hanya sampai disini, karena sejak tahun ajaran 2000/2001 telah dibuka Pesantren Darul Mukhlisin yang berlokasi di Desa Padanglampe Kabupaten Pangkep Provinsi Sulawesi Selatan.

Awalnya Pesantren ini hanya diperuntukan bagi Mahasiswa baru UMI, sebagai tempat pembinaan akhlaq dan pencerahan Qalbuh. Namun dalam perkembangannya bukan hanya Mahasiswa baru yang dipondokan di Pesantren Darul Mukhlishin, tetapi Pimpinan, Dosen, Karyawan dan Penghurus Lembaga Kemahasiswaan dalam lingkungan Yayasan Wakaf UMI juga ikut dibina. Pola pembinaan yang dilakukan di Pesantren ini, ternyata mendapat respon yang positif dari orang tua Mahasiswa UMI, bahkan masyarakat dan beberapa instansi Pemerintah dan Swasta. Terbukti beberapa instansi Pemerintah telah melakukan kerja sama dengan Pesantren, seperti Kapolda Sul-Sel dan Sulbar, Kepertis Wilayah IX dan Universitas Gorontalo. Juga masyarakat umum yang menitipkan anak-anaknya, khususnya pecandu narkoba (obat-obat terlarang).